İstanbul Boğazı, Karadeniz'den alçak, Marmara Denizi'nden yüksek bir konumda yer alır.
Ortaya atılan bir diğer görüşe göreyse İstanbul Boğazı'nın olduğu yerde çok eski çağlarda çok büyük bir akarsu geçiyordu. Başta Haliç olmak üzere, bugün Boğaziçi'nde koy olarak beliren yeryüzü şekilleri o dönemde bu akarsunun kollarının ana suyla birleşme noktalarıydı. Buzul çağı bitip dünyadaki buzul çözünmeleri başlayınca tüm sular gibi bu akarsunun da su seviyesi yükseldi ve günümüzdeki biçimini aldı.
Marmara Denizi'nin suyla dolarak Karadeniz'le birleşmesi olayı, mitolojide bilinen ve kimi kutsal kitaplarda da yer alan Nuh Tufanı ile de ilişkilendirilmiştir. Bu konuda da pek çok araştırma yapılmış ve 2001 yılında ABD'li araştırmacı Robert Ballard'ın bulgu ve savları büyük yankı uyandırmıştır. Çalışmaları 2001 yılı mayıs ayında National Geographic adlı coğrafya dergisinde de yayınlanmıştır. Ballard'a göre Buzul Çağı'nda Karadeniz, çevresinde verimli tarım alanları bulunan büyük bir tatlısu gölüydü.
